RDKit
Open-source cheminformatics and machine learning.
- s -
ScaffoldNetwork() :
RDKit::ScaffoldNetwork::ScaffoldNetwork
ScaffoldNetworkParams() :
RDKit::ScaffoldNetwork::ScaffoldNetworkParams
scale() :
RDKit::MolDraw2D
,
RDKit::MolDraw2D_detail::AtomSymbol
,
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawAnnotation
,
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShape
,
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeDashedWedge
,
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeWavyLine
scaleForceConstant() :
ForceFields::UFF::TorsionAngleContrib
scatter() :
ForceFields::ForceField
score() :
RDKit::MolAlign::O3A
,
RDKit::RGroupDecompData
,
RDKit::RGroupDecompositionChromosome
scoreAlignment() :
RDKit::MolAlign::SDM
scoreFromPrunedData() :
RDKit::RGroupDecompData
SDM() :
RDKit::MolAlign::SDM
SDMolSupplier() :
RDKit::SDMolSupplier
SDWriter() :
RDKit::SDWriter
Seed() :
RDKit::FMCS::Seed
seekoff() :
boost_adaptbx::python::streambuf
seekpos() :
boost_adaptbx::python::streambuf
selectScaleFactor() :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
SequenceRule() :
RDKit::CIPLabeler::SequenceRule
Serialize() :
RDCatalog::Catalog< entryType, paramType >
,
RDCatalog::CatalogEntry
,
RDCatalog::CatalogParams
,
RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >
,
RDKit::EnumerateLibraryBase
,
RDKit::FilterCatalog
,
RDKit::FilterCatalogEntry
,
RDKit::FilterCatalogParams
,
RDKit::FragCatalogEntry
,
RDKit::FragCatParams
serialize() :
RDKit::MolBundle
Serialize() :
RDKit::MolCatalogEntry
,
RDKit::MolCatalogParams
,
RDKit::MolStandardize::AcidBaseCatalogEntry
,
RDKit::MolStandardize::AcidBaseCatalogParams
,
RDKit::MolStandardize::FragmentCatalogEntry
,
RDKit::MolStandardize::FragmentCatalogParams
,
RDKit::MolStandardize::TautomerCatalogEntry
,
RDKit::MolStandardize::TautomerCatalogParams
,
RDKit::MolStandardize::TransformCatalogEntry
,
RDKit::MolStandardize::TransformCatalogParams
,
RDKit::SubstructLibrary
serialize() :
RDKit::TautomerQuery
set() :
RDKit::FMCS::TArray2D< T >
set3D() :
RDKit::Conformer
setAcidicAugmentedAtoms() :
RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
setActiveAtmIdx() :
RDKit::MolDraw2D
setActiveAtom() :
RDKit::RWMol
setActiveBndIdx() :
RDKit::MolDraw2D
setActiveClass() :
RDKit::MolDraw2D
setActiveConformer() :
RDKit::MolChemicalFeature
setActiveMolIdx() :
RDKit::MolDraw2D
setAltLoc() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
setAtomBookmark() :
RDKit::ROMol
setAtomicNum() :
RDKit::Atom
setAtomMapNum() :
RDKit::Atom
setAtomPos() :
RDKit::Conformer
setAtoms() :
RDKit::SubstanceGroup
setAugmentedAtomTranslations() :
RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
setAux() :
RDKit::CIPLabeler::Edge
,
RDKit::CIPLabeler::Node
setBaseFontSize() :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
setBeginAtom() :
RDKit::Bond
setBeginAtomIdx() :
RDKit::Bond
setBestPermutation() :
RDKit::RGroupScorer
setBiasList() :
RDInfoTheory::InfoBitRanker
setBit() :
BitVect
,
ExplicitBitVect
,
SparseBitVect
setBitId() :
RDCatalog::CatalogEntry
setBitIdList() :
RDInfoTheory::BitCorrMatGenerator
setBondBookmark() :
RDKit::ROMol
setBondDir() :
RDKit::Bond
,
RDKit::QueryBond
setBonds() :
RDKit::SubstanceGroup
setBondType() :
RDKit::Bond
,
RDKit::QueryBond
setCairoContext() :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextCairo
,
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFTCairo
setCallback() :
RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
setCarriers() :
RDKit::CIPLabeler::Configuration
setCatalogParams() :
RDCatalog::Catalog< entryType, paramType >
,
RDKit::FilterCatalog
setChainId() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
setChiralTag() :
RDKit::Atom
setColour() :
RDKit::MolDraw2D
,
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
,
RDKit::MolDraw2DCairo
,
RDKit::MolDraw2DQt
,
RDKit::MolDraw2DSVG
,
RDKit::MolDraw2Dwx
setDash() :
RDKit::MolDraw2D
setData() :
RDKit::SDMolSupplier
,
RDKit::SmilesMolSupplier
,
RDKit::TDTMolSupplier
setDataFunc() :
Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
setDefaultPickleProperties() :
RDKit::MolPickler
setDescription() :
Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
,
RDKit::FilterCatalogEntry
,
RDKit::FragCatalogEntry
,
RDKit::MolCatalogEntry
setEndAtom() :
RDKit::Bond
setEndAtomIdx() :
RDKit::Bond
setEndsOpen() :
Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
setEnergy() :
RDKit::Snapshot
setExclusionPatterns() :
RDKit::ExclusionList
setFamily() :
ChemicalFeatures::FreeChemicalFeature
,
RDFeatures::ExplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
,
RDFeatures::ImplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
setFillPolys() :
RDKit::MolDraw2D
setFlexiMode() :
RDKit::MolDraw2D
setFontFile() :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
,
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFT
setFontScale() :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
setFontSize() :
RDKit::MolDraw2D
,
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
,
RDKit::MolDraw2Dwx
setForceV3000() :
RDKit::SDWriter
setFormalCharge() :
RDKit::Atom
setFPLength() :
RDCatalog::Catalog< entryType, paramType >
setGoodAugmentedAtoms() :
RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
setHybridization() :
RDKit::Atom
setId() :
ChemicalFeatures::FreeChemicalFeature
,
RDKit::Conformer
setIdx() :
RDKit::Atom
,
RDKit::Bond
setImplicitPropertiesFlag() :
RDKit::ChemicalReaction
setInsertionCode() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
setIsAromatic() :
RDKit::Atom
,
RDKit::Bond
setIsConjugated() :
RDKit::Bond
setIsHeteroAtom() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
setIsotope() :
RDKit::Atom
setIsUsed() :
RDKit::UsedLabelMap
setIsValid() :
RDKit::SubstanceGroup
setKekulize() :
RDKit::SDWriter
setLineWidth() :
RDKit::MolDraw2D
setLoc() :
RDFeatures::ExplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
setLower() :
Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
setLowerBound() :
DistGeom::BoundsMatrix
setLowerBoundIfBetter() :
DistGeom::BoundsMatrix
setLowerFragLength() :
RDKit::FragCatParams
setMaskBits() :
RDInfoTheory::InfoBitRanker
setMatchFunc() :
Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
setMaxCount() :
RDKit::SmartsMatcher
setMaxFontSize() :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
setMaxTautomers() :
RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
setMaxTransforms() :
RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
setMCSAtomTyperFromConstChar() :
RDKit::MCSParameters
setMCSAtomTyperFromEnum() :
RDKit::MCSParameters
setMCSBondTyperFromConstChar() :
RDKit::MCSParameters
setMCSBondTyperFromEnum() :
RDKit::MCSParameters
setMetalNof() :
RDKit::MolStandardize::MetalDisconnector
setMetalNon() :
RDKit::MolStandardize::MetalDisconnector
setMetricFunc() :
RDDataManip::MetricMatrixCalc< vectType, entryType >
setMinCount() :
RDKit::SmartsMatcher
setMinFontSize() :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
setMMFFAngleTerm() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
setMMFFBondTerm() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
setMMFFDielectricConstant() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
setMMFFDielectricModel() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
setMMFFEleTerm() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
setMMFFOopTerm() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
setMMFFOStream() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
setMMFFStretchBendTerm() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
setMMFFTorsionTerm() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
setMMFFVariant() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
setMMFFVdWTerm() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
setMMFFVerbosity() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
setMol() :
RDKit::MolCatalogEntry
setMoleculeFragment() :
RDKit::FMCS::Seed
setMonomerInfo() :
RDKit::Atom
setMonomerType() :
RDKit::AtomMonomerInfo
setName() :
RDKit::AtomMonomerInfo
setNegation() :
Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
setNoImplicit() :
RDKit::Atom
setNumDigits() :
RDKit::TDTWriter
setNumExplicitHs() :
RDKit::Atom
setNumRadicalElectrons() :
RDKit::Atom
setNumThreads() :
RDKit::ResonanceMolSupplier
setOccupancy() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
setOffset() :
RDKit::MolDraw2D
setOffsets() :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
setOperationName() :
RDKit::RGroupDecompositionChromosome
SetOptions() :
RDKit::StructureCheck::StructChecker
setOrder() :
RDKit::MolCatalogEntry
setOwningMol() :
RDKit::Atom
,
RDKit::Bond
,
RDKit::Conformer
,
RDKit::SubstanceGroup
setParentAtoms() :
RDKit::SubstanceGroup
setPattern() :
RDKit::FilterHierarchyMatcher
,
RDKit::SmartsMatcher
setPatterns() :
RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
setPODVal() :
RDKit::Dict
setPos() :
ChemicalFeatures::FreeChemicalFeature
setPrimaryLabel() :
RDKit::CIPLabeler::Configuration
,
RDKit::CIPLabeler::Sp2Bond
,
RDKit::CIPLabeler::Tetrahedral
setProcessPropertyLists() :
RDKit::ForwardSDMolSupplier
setProgressCallback() :
RDKit::ResonanceMolSupplier
setProp() :
RDKit::FilterCatalogEntry
,
RDKit::FragCatalogEntry
,
RDKit::MolCatalogEntry
,
RDKit::RDProps
setProps() :
RDKit::FilterCatalogEntry
,
RDKit::MolWriter
,
RDKit::PDBWriter
,
RDKit::SDWriter
,
RDKit::SmilesWriter
,
RDKit::TDTWriter
SetQuery() :
Queries::SetQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
setQuery() :
RDKit::Atom
,
RDKit::Bond
,
RDKit::QueryAtom
,
RDKit::QueryBond
setQueryMol() :
RDKit::RecursiveStructureQuery
setReassignStereo() :
RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
setRemoveBondStereo() :
RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
setRemoveIsotopicHs() :
RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
setRemoveSp3Stereo() :
RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
setResidueName() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
setResidueNumber() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
setRingSystemTemplates() :
RDDepict::CoordinateTemplates
setRlabel() :
RDKit::RGroupDecompData
setRotatePatterns() :
RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
SetRotation() :
RDGeom::Transform3D
SetRotationFromQuaternion() :
RDGeom::Transform3D
setRule6Ref() :
RDKit::CIPLabeler::Digraph
setScale() :
RDKit::MolDraw2D
,
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
setSearchOrder() :
RDKit::SubstructLibrary
setSecondaryStructure() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
setSegmentNumber() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
setSerialNumber() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
setSorter() :
RDKit::CIPLabeler::SequenceRule
setSphereOccupancy() :
RDGeom::UniformGrid3D
setState() :
RDKit::EnumerateLibraryBase
setStereo() :
RDKit::Bond
setStereoAtoms() :
RDKit::Bond
setStereoGroups() :
RDKit::ROMol
setStereoPatterns() :
RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
setStoreAllDegenerateMCS() :
RDKit::FMCS::Seed
setStreamIndices() :
RDKit::SDMolSupplier
setTautomerData() :
RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
SetTee() :
boost::logging::rdLogger
setTempFactor() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
setToIdentity() :
RDGeom::Transform2D
,
RDGeom::Transform3D
,
RDNumeric::SymmMatrix< TYPE >
setTol() :
Queries::EqualityQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
,
Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
setTolerance() :
RDKit::FragCatParams
setToRandom() :
RDNumeric::Vector< TYPE >
SetTransform() :
RDGeom::Transform2D
setTransformation() :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
SetTranslation() :
RDGeom::Transform2D
,
RDGeom::Transform3D
setType() :
ChemicalFeatures::FreeChemicalFeature
,
RDFeatures::ExplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
,
RDFeatures::ImplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
setTypeLabel() :
Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
setTypeStr() :
RDCatalog::CatalogParams
setupNewNeighs() :
RDDepict::EmbeddedFrag
setUpper() :
Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
setUpperBound() :
DistGeom::BoundsMatrix
setUpperBoundIfBetter() :
DistGeom::BoundsMatrix
setUpperFragLength() :
RDKit::FragCatParams
setVal() :
Queries::EqualityQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
,
RDGeom::Grid3D
,
RDGeom::UniformGrid3D
,
RDKit::Dict
,
RDKit::DiscreteValueVect
,
RDKit::SparseIntVect< IndexType >
,
RDNumeric::Matrix< TYPE >
,
RDNumeric::SymmMatrix< TYPE >
,
RDNumeric::Vector< TYPE >
setWeights() :
RDKit::MolChemicalFeatureDef
setWrite2D() :
RDKit::TDTWriter
setWriteId() :
RDKit::StereoGroup
setWriteNames() :
RDKit::TDTWriter
showmanyc() :
boost_adaptbx::python::streambuf
shrinkToFit() :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
signedAngleTo() :
RDGeom::Point2D
,
RDGeom::Point3D
size() :
BitVect
,
PySequenceHolder< T >
,
Queries::SetQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
Size() :
RDDepict::EmbeddedFrag
size() :
RDKit::CachedMolHolder
,
RDKit::CachedSmilesMolHolder
,
RDKit::CachedTrustedSmilesMolHolder
,
RDKit::DiscreteValueVect
,
RDKit::FMCS::DuplicatedSeedCache
,
RDKit::FMCS::SeedSet
,
RDKit::FPHolderBase
,
RDKit::KeyFromPropHolder
,
RDKit::KeyHolderBase
,
RDKit::MolAlign::O3AConstraintVect
,
RDKit::MolAlign::SDM
,
RDKit::MolBundle
,
RDKit::MolHolder
,
RDKit::MolHolderBase
,
RDKit::MolStandardize::TautomerEnumeratorResult
,
RDKit::SparseIntVect< IndexType >
,
RDKit::SubstructLibrary
,
RDKit::Trajectory
,
RDNumeric::Vector< TYPE >
skip() :
RDKit::EnumerationStrategyBase
SLNParseException() :
RDKit::SLNParseException
smallestValId() :
RDNumeric::Vector< TYPE >
SmartsMatcher() :
RDKit::SmartsMatcher
smiles() :
RDKit::MolStandardize::TautomerEnumeratorResult
SmilesMolSupplier() :
RDKit::SmilesMolSupplier
SmilesParseException() :
RDKit::SmilesParseException
smilesTautomerMap() :
RDKit::MolStandardize::TautomerEnumeratorResult
SmilesWriter() :
RDKit::SmilesWriter
smoothBondJoins() :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
Snapshot() :
RDKit::Snapshot
sort() :
RDKit::CIPLabeler::SequenceRule
Sort() :
RDKit::CIPLabeler::Sort
Sp2Bond() :
RDKit::CIPLabeler::Sp2Bond
SparseBitVect() :
SparseBitVect
SparseIntVect() :
RDKit::SparseIntVect< IndexType >
SpecialChiralityAtomCompareFunctor() :
RDKit::Canon::SpecialChiralityAtomCompareFunctor
SpecialSymmetryAtomCompareFunctor() :
RDKit::Canon::SpecialSymmetryAtomCompareFunctor
SquareMatrix() :
RDNumeric::SquareMatrix< TYPE >
ss_matcher() :
RDKit::MorganFingerprints::ss_matcher
startProcessing() :
RDKit::RGroupScorer
stats() :
RDKit::EvenSamplePairsStrategy
status() :
RDKit::MolStandardize::TautomerEnumeratorResult
StereoGroup() :
RDKit::StereoGroup
streambuf() :
boost_adaptbx::python::streambuf
streambuf_capsule() :
boost_adaptbx::python::streambuf_capsule
StretchBendContrib() :
ForceFields::MMFF::StretchBendContrib
string() :
RDKit::MMFF::Tools::DefaultTorsionBondSmarts
,
RDKit::UFF::Tools::DefaultTorsionBondSmarts
StringRect() :
RDKit::MolDraw2D_detail::StringRect
StringToStructureFlags() :
RDKit::StructureCheck::StructChecker
StructChecker() :
RDKit::StructureCheck::StructChecker
StructCheckerOptions() :
RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
StructCheckTautomer() :
RDKit::StructureCheck::StructCheckTautomer
StructureFlagsToString() :
RDKit::StructureCheck::StructChecker
SubstanceGroup() :
RDKit::SubstanceGroup
SubstanceGroupException() :
RDKit::SubstanceGroupException
SubstructLibrary() :
RDKit::SubstructLibrary
SubstructMatchParameters() :
RDKit::SubstructMatchParameters
substructOf() :
RDKit::TautomerQuery
supportsAnnotations() :
RDKit::MolDraw2D
Symbol() :
RDKit::atomicData
SymmMatrix() :
RDNumeric::SymmMatrix< TYPE >
sync() :
boost_adaptbx::python::streambuf
Generated on Wed Jan 17 2024 13:03:19 for RDKit by
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